1. Együttműködési megállapodás a Magyar Országos Levéltárral (1994. október 25.)
2. Együttműködési megállapodás a budapesti Ybl Miklós Műszaki Főiskolával (1994. feburár)
3. Együttműködési megállapodás a heidelbergi Arbeitskreis für Siebenbürgische Landeskunde-vel (1997.)
4. Megállapodás a Magyar Tudományos Akadémia és az Erdélyi Múzeum-Egyesület között (2002. november 23.)
5. Együttműködés a Kolozsvári Virtuális Könyvtár létrehozásának tárgyában (2002.) 2002-ben együttműködési megállapodás jött létre nyolc kolozsvári könyvtár között egy virtuális könyvtár létrehozására. Az Erdélyi Múzeum-Egyesület, az Erdélyi Magyar Műszaki Társaság, a Szabó T. Attila Nyelvi Intézet, a Heltai Gáspár Könyvtári Alapítvány, a Kriza János Néprajzi Társaság, az Etnokulturális Kisebbségek Forrásközpontja, a Romániai Magyar Közgazdasági Társaság, a Sapientia Kutatási Programok Intézete képviselői vállalták, hogy közgyűjteményeiket elektronikus formában feldolgozzák és a Kolozsvári Virtuális Könyvtár rendelkezésére bocsátják.
6. Együttműködési megállapodás a budapesti Teleki László Intézettel (2002.)
7. Együttműködési szerződés a kolozsvári Sapientia Alapítvánnyal (2003. január 16.)
8. EME – MTA együttműködési megállapodás 2003. április 14.
9. Együttműködési megállapodás a nagyváradi Partiumi Keresztény Egyetemmel (2003. május 13.)
10. Együttműködési megállapodás a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetemmel és az OMIKK-al (2004.január 29.)
11. Együttműködési megállapodás EMT, OSZK val a MEK ügyében 2004. március 30.
12. Együttműködési megállapodás a budapesti Országos Széchenyi Könyvtárral, Magyar Elektronikus Könyvtárral (2005. február 11.)
13. Együttműködési megállapodás a debreceni DE Történelmi Intézettel (2005. február 1.)
14. Együttműködési megállapodás az EME Orvos- és Gyógyszerésztudományi Szakosztálya és a Magyar Gyógyszerésztudományi Társaság között 2006 április 27.
15. Együttműködési megállapodás a zentai Vajdasági Magyar Művelődési Intézettel, a somorjai Fórum Intézettel s a kolozsvári Jakabffy Elemér Alapítvánnyal (2oo6. május 12-én). Az együttműködő intézmények célja könyvtár és dokumentációs központok működtetése.
16. Együttműködési megállapodás a Posta Béla Egyesülettel 2006. március 20-án
17. Együttműködési megállapodás az MTA Jász-Nagykun-Szolnok megyei Tudományos Egyesülettel, 2007. április 24.
18. Együttműködési megállapodás az Országos Magyar Bányászati és Kohászati Egyesülettel 2007. március 16-án
19. EME – MTA együttműködési megállapodás felújítása 2008. március 29-én
20. Együttműködési megállapodás a Sapientia Erdélyi Magyar Tudományegyetemmel 2008. szeptember 15.
21. Budapesti Műszaki Főiskola Bánki Donát Gépész és Biztonságtechnikai Mérnöki Karral, 2008. március 14.
22. Együttműködési megállapodás a Közép-európai Ipari Örökség Útja Egyesülettel 2008. március 13-án
23. Együttműködési megállapodás a Kolozsvári Magyar Diákszövetséggel 2010. október 28-án
24. Együttműködési megállapodás az Erdélyi Unitárius Egyházzal 2012. június 20-án
25. Együttműködési megállapodás az MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézetével 2013. június 3-án
26. Együttműködési megállapodás a Debreceni Egyetem Magyar Nyelvtudományi Intézetével és a mellette működő MTA-DE Magyar Nyelv- és Névtörténeti Kutatócsoportjával 2014. május 19.-én
27. Együttműködési megállapodás Lucian Blaga Központi Egyetemi Könyvtárral 2014. július 29-én
28. Együttműködési megállapodás a Magyar Professzorok Nemzetközi Szövetségével 2015. március 19-én
29. EME – MTA együttműködési megállapodás felújítása 2015. május 4-én
30. Együttműködési megállapodás az Országos Széchenyi Könyvtárral 2016. január 22.