Az Erdélyi Múzeum-Egyesület már az 1860-as években is saját kiadásában jelentette meg a gyűjteményei feldolgozása nyomán keletkezett tudományos munkákat, és több tudományos folyóiratot is kiadott. Az Egyesület felépítésének megfelelően több tudományterületet feltáró munkák képezték egy-egy sorozat bázisát, a kiadványok a bölcsészet-, orvos- és természettudományok területeinek legújabb kutatási eredményeit mutatták be.

1990-ben a tevékenységét újrakezdő tudományos egyesület a könyvkiadási tevékenységet is felélesztette. A kiadó egyrészt folytatni kívánta a korábbi könyvkiadási hagyományt, ezért több, csaknem ötven évig szünetelő sorozatát és folyóiratát újraindította, ugyanakkor a tudományok újrastrukturálódásával lépést tartva új sorozatok koncepcióját is kidolgozta.

A kiadó 1991-ben újraindította az Erdélyi Múzeum című folyóiratot, amelynek azóta is évi 4 száma jelenik meg, ez az egyik legfontosabb fóruma az erdélyi humántudományos gondolkodásnak. Az Orvostudományi Értesítő, a Múzeumi Füzetek, a régészek évkönyve, a Dolgozatok az Erdélyi Múzeum Érem- és Régiségtárából és az újonnan indított Acta Materialia Transylvanica című folyóirat kiadása szintén folyamatos.

Korábbi könyvsorozata folytatásaképpen jelent meg 1991-ben az Erdélyi Tudományos Füzetek 209. száma, nemsokára a sorozat 300. kötete is megjelenik. A sorozat egyetemi tanárok köteteit, frissen megvédett és átszerkesztett doktori dolgozatokat, illetve az EME kutatóinak munkáit jelenteti meg történelem, irodalomtörténet, nyelvészet és néprajz témakörökben. A kötetek nagy népszerűségnek örvendenek mind a helyi, mind pedig a külföldi piacon, hiszen az új kutatási módszertanokkal általában erdélyi tematikát dolgoznak fel, így alapvető szakirodalmává válnak a bölcsészeti tárgyú kutatásoknak.

Ugyanakkor a kiadói tevékenység fontos részét képezi Erdély történeti forrásainak megjelentetése. A Székely Oklevéltár új sorozatának négy vaskos (IV-VII.) kötete az EME legrangosabb kiadványa a történelmi források körében. A székely általános és katonai összeírások a 16-17. századi egész európai történelem párját ritkító forrásai közé tartoznak, amennyiben a népszámlálásokat megelőző korszakból településenként és azokon belül a társadalmi rétegek rendjében vették számba az egész Székelyföld családfőit vagy éppen teljes férfilakosságát. Az Erdélyi Történelmi Adatok valamint az Erdélyi Nemzeti Múzeum Levéltára sorozatai az EME kutatóintézetében folyó forrásfeltáró munkáknak ad megjelenési lehetőséget, ezekben a sorozatokban jelennek meg olyan fontos történeti források, mint az erdélyi fejedelmek királyi könyvei, a káptalani jegyzőkönyvek vagy az egyes erdélyi családok levéltárainak összeírása.

Ugyancsak az EME vállalta fel Szabó T. Attila monumentális kiadványának, az Erdélyi magyar szótörténeti tárnak a kiadását.

Jelentős újítása volt a kiadónak a kilencvenes évek után, hogy új sorozatokban teret biztosított a műszaki kutatások eredményeinek megjelentetésére. Míg a Műszaki Tudományos Füzetek sorozata a legújabb tudományos eredmények publikálásával a magyar műszaki szaknyelv fejlesztésére is vállalkozik, a Tudomány- és Technikatörténeti Füzetek sorozata az erdélyi technikai örökség feltárásával indult, a továbbiakban emellett tudománytörténeti munkákat fog megjelentetni.

A tudományos kutatásokat segítő jelentős segédkiadványok, lexikonok (főleg a Romániai Magyar Irodalmi Lexikon) és bibliográfiák kiadása is folyamatos, legutóbbi fontos vállalásunk a Moldvai magyar tájnyelv szótárának kiadása volt.

Az Emberek és kontextusok forrásközlő kötetei a társadalomkutatók és a népi életforma iránt érdeklődő olvasók figyelmére tartanak számot. A Letöltés című sorozatban pedig a media- és kommunikációtudomány, valamint a populáris kultúra kutatásának területeire tartozó munkák jelennek meg.

Mindezen sorozatok mellett jelentős az önálló kötetben megjelent művek száma, ezek között irodalom-, társadalom-, történet-, természet- és orvostudományi kiadványok szerepelnek, melyeknek igen fontos a tudományos hozadéka.

A kiadványok szakmai színvonalát esetről esetre felkért szaklektorok biztosítják.

 A felelős kiadó
1990–2010 között Sipos Gábor volt.
2010 áprilisától a felelős kiadó: Biró Annamária. (biro.annamaria@eme.ro)
2014 februárjától a szerkesztőségi titkár: Papp Kinga (papp.kinga@eme.ro)